1936年7月17日,佛朗哥在西班牙本土和西属摩洛哥发动军事政变。政变得到了国内大多数右翼团体的支持,其中包括天主教神职人士、长枪党以及君主主义者。7月18日黎明,加那利群岛广播了佛朗哥发动军事政变的宣言,当天早晨驻摩洛哥的陆军也开始叛乱,西班牙内战(La guerra civil española)爆发。第二天早上,佛朗哥飞抵摩洛哥,24小时内牢牢控制了这个保护地和驻防该地的西班牙军队,在西班牙登陆后,佛朗哥和他的军队向马德里推进,政变军队决定推举一位总司令,佛朗哥成为最佳人选,部分原因是他不是西班牙典型的“政治将军”。内战伊始,在西班牙国内,武装力量的百分之八十,即十二万官兵和大部分的国民警卫队是站在叛乱分子的一方。西班牙随后陷入三年内战,内战一方是苏联和墨西哥支持的第二共和国政府军及共产国际纵队。另一方是佛朗哥将军率领的右翼反共和政府武装,他们得到了得到了纳粹德国和法西斯意大利的支持,他们协助佛朗哥将非洲外籍军团空运到本土参战。国民军安东尼奥·萨拉查统治下的葡萄牙,将这场内战称为“讨伐”、“失地再收复运动”,也对国民军提供了援助。由于共和政府在其统治期间迫害天主教会,所以一些天主教信徒也为国民军提供了援助,爱尔兰派出了天主教志愿军参战。英、美、法三国则宣布不干涉。苏联和墨西哥则是共和政府的支持者。1936年10月1日。佛朗哥被管制国民军占领区的“国防委员会”认作形式上的“西班牙国家领袖”。成为新民族主义政权的国家元首。佛朗哥所主持的政府基本上是一个军事独裁政府,但他认识到需要一个正规文职机构,以便赢得更广泛的支持。他发动反共和政府的武装叛乱后得到希特勒、墨索里尼的支持。1937年3月的瓜达拉哈拉战役中,国际纵队战胜了为佛朗哥作战的意大利军队。这场战役之后,佛朗哥转向北部。1937年4月19日,佛朗哥重组西班牙长枪党(El partido con España),他将长枪党扩大成为多元组织的同时指出,是政府利用党,而不是相反,因此他的政府成为一种形成制度的专制系统,在这方面有别于德国和意大利的法西斯党国模式。通过一种全面、有条理的“消耗战”模式,佛朗哥的部下控制了西班牙许多地区,在这些地区,支持共和政府政策(包括区域自治、自由选举、给予妇女权利等)者大都被囚禁或处决。右派认为这些“敌对分子”构成了“反西班牙”的罪名。1939年1月26日,佛朗哥占领巴塞罗那,政府逃亡,标志着西班牙独裁统治正式确立。欢呼的人群欢迎佛朗哥的军队胜利进入巴塞罗那。在过去的3天里,皇家军队已经撤离该城,佛朗哥国民军进城时,只遇到零星的抵抗。1月26日早晨,佛朗哥的军队从两侧夹击并占领了这座城市。挥舞着旗帜的佛朗哥国民军从北向南推进时,一下子占领了几个机枪阵地。从西面杀来的摩洛哥军队只打了几枪,就席卷入城。佛朗哥的军队入城时,人们潮水般围拢过去,行佛朗哥式礼。3月21日,佛朗哥军队占领马德里,推翻共和政府,建立独裁统治。由于其部队军事素质相对较高,以及德国和意大利持续不断的大量援助,他于1939年4月10日赢得全面和绝对的胜利。佛朗哥自任国家元首,取消其他一切政党,法西斯政党长枪党为唯一合法政党。逮捕、枪杀共产党以及进步人士、大批西班牙人流亡到欧洲其他国家及拉美各国。