从表面上看，王宝玉少言寡语，但很有思想，而且个性很强；平时很爱看书，也很注重接受新事物；善于钻研飞行理论，飞行技术中等偏上；自尊心非常强。疑心较大；不善交际，群众关系一般。因此，在分配到部队的很长一段时间里，大家都是把他作为重点帮带对象，以使其能尽快融入作战部队这一特殊团体。渐渐地，王宝玉适应了作战部队的生活，在大面上也愿意与大家沟通和交流，但从不肯与大家敞开心扉，因此还是很难与大多数性格豪爽的飞行员真正相融。有时他觉得一些爱开玩笑的飞行员很浅薄，甚至还嘲笑他们没有思想和头脑。但大家并不介意，只是认为他书生气浓一些，因而也从不计较。好在王宝玉比较聪明，接受能力也比较强，在飞行方面进步很快，所以这一阶段他经常可以听到领导及战友的表扬和赞赏，从而使他在心里有了一种优越感。同时，也暂时满足了深埋在他心底的那种一定要出人头地的虚荣心。然而，随着时间的推移，一切又发生了变化。与他同批分配到部队的飞行员，有一部分由于综合素质提高很快，先后被提拔到了领导岗位；而他对自己期望值很高，每次提升时却没有自己的份儿，这使他的自尊心受到很大挫伤，并且心理日渐失衡。而这一时期，他的家庭也出了问题。1988年，王宝玉结婚后不久便办理了家属随军手续，但这时正是改革开放步伐加快阶段，地方上渐渐打破了“大锅饭”体制，许多富余人员开始被剥离，这就给部队干部随军家属的工作安置带来很大困难。对此，他开始发牢骚、讲怪话，发泄不满。后来，组织上经过努力终于在师部驻地为其爱人安排了工作。但由于他爱人性格外向，又很善于交际，分居两地他很不放心。于是，他又向已调任副师长的老团长提出，要调到师部驻地飞行团工作的要求。本以为副师长能给他一些关照，没想到治军严格的副师长对他过多考虑个人问题的想法给予了严肃批评。不久，师里又提拔了一批飞行中队长和大队长，王宝玉再次无缘提升。他因而认为是副师长从中作梗，对他打击报复。与此同时，王宝玉与妻子的关系也日渐紧张，两人经常吵闹。妻子多次嘲骂他没能耐、窝囊，这使他更加心灰意冷。后来，王宝玉把注意力集中在了学习上。这一时期，他看了许多西方哲学著作和一些宣扬西方民主、自由的学说，开始向往西方的民主、自由，甚至发展到违反有关规定经常偷听境外广播。起初，团里对于王宝玉的思想变化还是重视和掌握的。1989年2月，团政治处因王宝玉不能正确对待家属工作安置，与领导关系紧张等原因，将其列为思想工作重点人。除了有针对性地做思想工作以外，团里还尽可能在工作和生活上给王宝玉以更多的帮助和照顾。团领导为王宝玉改善夫妻关系尽可能创造机会和条件，借其妻子回青岛老家生孩子的机会，特批准他单独去青岛疗养院疗养和休假，时间长达两个多月。实际上，这造成了管理上的失控。因为这段时间，正是全国自由化思潮泛滥的时候，这也是造成王宝玉政治立场发生根本变化的一个重要原因。不过，随着改革开放逐渐深入，飞行员的待遇也在不断提高，再加上其家属工作安置及生活方面的问题都基本解决，王宝玉也有了新的变化，工作表现勤奋积极，平时的怨言和牢骚少了，家庭关系也有了缓和，群众关系日渐融洽。这些“进步”确实达到了他预期的效果，1990年5月，团领导鉴于他“进步”较大，便撤销了其思想工作重点人。其实，这期间王宝玉在“积极进步”的掩盖下，已经开始秘密准备驾机叛逃。他利用训练和演习的机会，仔细研究周边国家机场的数据、航线、气象等方面的资料，并将相关数据熟记在心。8月25日，王宝玉终于找到机会，借飞行训练之机实施驾机叛逃。这时，他已下定决心投奔西方的自由世界。登机前，他把自己的手表送给了与他交接飞机的飞行员，尽管他们是航校的老同学，但这位飞行员还是感到有些奇怪，以为王宝玉是嫌戴手表碍事请他暂为保管而说的玩笑话，所以也没太在意。随后，王宝玉转身登机，旋即起飞，正常出航，到达预定空域后，突然转航脱离编队，超低空直向苏联远东符拉迪沃斯托克方向飞去。
