1928年生于东京丰岛区。父亲是马克思主义历史学家羽仁五郎，曾是参议院议员，母亲羽仁悦子是自由学园的创立者。他曾在父亲支持的岩波书店任计划和会计。是岩波电影制作所的发起人之一，并在《岩波摄影文库》任编辑。1952年完成科教片处女作《生活与水》。1954年由文部省集资摄制纪录片《教室里的孩子们》。由于打破了有史以来教育电影的框框、采用真实的完全记录性手法而受到注目，获“蓝绶带奖”教育文化电影优秀作品奖。1956年创作的《绘画的孩子们》是部纪录片，却进入故事片剧场放映，在日本电影史上写下了难忘的一页。从此羽仁的名字为世人所知。此外还写了一系列电影理论著作，如《不要演技的主角们》、《摄影与麦克风的理论》等。1960年他用记录手法拍的故事片《不良少年》获日本《电影旬报》十佳作品奖第一名。他本人因此片获日本《电影旬报》最佳导演奖。1965年赴非洲长期拍外景，摄制了描写日本人与黑人杂居生活的故事片《布瓦纳特·西之歌》。1966年又去南美安第斯山中拍同样题材的日本人与印第安人杂居生活的《安第斯的新娘》。1970年后，全家移居巴黎。1971年创作法国电影《妖精的诗》。1972年拍摄即兴的实验作品《上午的时间分配》。1980年拍摄以自然保护为主题的《非洲故事》，获得好评。80年代后期主要从事电视作品创作。
