1937年“七七事变”后,王寿仁与同学结伴南行,在长沙临时大学(由北京大学、清华大学和南开大学联合组成,1938年迁至昆明后定名为西南联合大学)和西南联合大学修完大学学业。1939年受聘于北京大学,在西南联合大学任助教。当时属北京大学的数学助教还有孙树本、龙季和、李盛华、王湘浩、栾汝书、樊?等。王寿仁和一些助教曾自动组织学习在国内影印出版不久的B.L.范德瓦尔登(Van der Waerden)的《近世代数》,以补近世代数知识之不足。1939-1940年间,王寿仁任数学系秘书(系主任为原清华大学的杨武之教授。西南联合大学以原三校数学教授轮流担任数学系主任)。许宝騄在西南联合大学时期曾开课讲授勒贝格(Lebesgue)积分、中心极限定理及相关的数理统计课程,并指导孙树本、钟开莱、王寿仁等开始概率统计方面问题的研究。王寿仁完成了有关协方差的论文(未发表),开始涉足这一学科,但尚未确定主攻的研究方向。1946年,王寿仁随校返回北平在北京大学数学系任讲员(介于助教和讲师之间的职称),除讲授初等及高等微积分外,还开设选修课“傅里叶(Fourier)分析”。他本人的兴趣也转向这个方向,在北京大学建校50周年理科纪念册和中央研究院主办的《科学纪录》上发表了这方面的论文,获得好评。在北平解放前的学生反饥饿、反内战、反迫害斗争期间,王寿仁积极参加了北京大学讲师讲员助教联合会的活动,该会响应学生的呼吁发表罢教宣言,实行罢教,支持学生的正义行动。北平解放初期,王寿仁曾任北京大学教职员工会理学院负责人之一。