在1924年以前,圣保利足球俱乐部是“汉堡-圣保利竞技俱乐部”(Hamburg-St.Pauli Turnverein 1862)(1862年5月1日由成立于1852年9月7日的MTV in Hamburg和1860年9月7日成立的TV in St. Pauli und vor dem Dammthore合并而成)的足球部门。圣保利足球俱乐部正式成立于1910年5月15日,以圣保利竞技俱乐部之名在大汉堡地区踢联赛,直到1924年德国竞技和足球俱乐部净化分离运动后才注册成为自主的俱乐部。俱乐部在汉堡地区处于中下游水平,直到1934年进入当时德国的16个最高级联赛之一——北方地区联赛(Gauliga Nordmark),从此在顶级和次级联赛闲摇摆,1935年降级,1936年重升,1940年又降,1942年再升级,直到第二次世界大战结束。
圣保利至今的最后一次甲级之旅在2001-2002赛季。2002年2月6日,处于榜尾的圣保利队在米勒门体育场令人吃惊地2:1战胜了拜仁慕尼黑。当时已几乎确定降级的圣保利人在T恤上印上“世界俱乐部杯冠军战胜者”(Weltpokalsiegerbesieger),因拜仁在此赛季赢得了世界俱乐部杯。本场比赛中圣保利的射手是Nico Patschinski和Thomas Meggle。直到第87分钟才由威利·萨尼奥尔扳回一球。2001-2002赛季的降级险些使俱乐部破产,不得不接受捐款,即“拯救行动”(Retteraktion)。他们印制的带有俱乐部标志和“Retter”(“拯救”)字样的文化衫在6周内销售掉14万件。他们还组织过一场对拜仁慕尼黑(FC Bayern München)的友谊赛以缓解经济危机。俱乐部也活跃于慈善活动中。2005年,俱乐部及其球迷发起“viva con agua de sankt pauli”行动,为古巴学校的饮水设备募捐。在2005-2006赛季,身处北方地区联赛(丙级)的圣保利在德国杯比赛中取得了难以置信的胜利。在淘汰赛中,他们一路过关斩将,战胜了布格豪森(Wacker Burghausen)、波鸿(VfL Bochum)、柏林赫塔(Hertha Berlin)等职业球队,2006年1月25日的四分之一决赛中竟然雪地里3:1战胜了当年的德甲联赛亚军云达不莱梅(Werder Bremen)。进入德国杯半决赛为俱乐部带来大约100万欧元的电视和赞助收入,极大程度缓解了俱乐部当时危急的财政。最终,在半决赛中,圣保利在4月12日举行的半决赛中主场0:3输给了拜仁慕尼黑(Bayern München),没能继续这一奇迹。圣保利队在最近30年来曾经13次变换联赛,10-11赛季征战于德甲联赛。