1992年,邵美琪与郑伊健相恋。1999年,两人分手。2008年,她与施祖男因共同拍摄电影《机动部队-同袍》而相识。2012年,他们在出席的《闪亮人生》慈善首映礼上公布恋情。2015年,邵美琪与施祖男分手。