2016年2月1日,李昇基在忠清南道论山陆军训练所现役入伍,李昇基在与现场粉丝简单告别后就进入军营办理参军手续。入伍一周后因成绩优秀被提拔为所属中队的中队长。经过六周的基础训练后,李昇基以训练所生活模范和卓越的训练消化能力,以中队第一名的成绩结业,并获优秀训练兵表彰。2016年3月16日,因训练成绩优异并具情报特长,被分配至韩国陆军特种部队特战司令部第13空降特战旅“黑豹部队”作为情报特种兵继续服役。2016年4月11日,开始接受特战司基本空降训练,于25日至26日接受了热气球跳伞的训练,28日成功完成了730米高空跳伞、500米~600米高空悬停的支奴干直升机飞机上空降的科目,结束本次训练并获得空降勋章。2016年6月 获得具备徒手杀人武艺「白骷髅」标志的krav maga 以色列近身格斗马伽术勋章。2016年6月6日,李昇基作为特种部队代表,参加了韩国显忠日纪念活动并领唱爱国歌,与参加活动的陆海空军代表士兵们一起合唱了爱国歌。2016年10月2日~6日,因其温暖正直的形象及优秀的军队生活面貌,被媒体称为“大韩的儿子”,并被选定为第14届鸡龙陆军节日庆典宣传大使,同时将担任庆典主MC。2017年参加特战司酷寒期克服训练、高等山岳训练、身负30公斤全副武装夜间行军400公里的千里行军、海上渗透训练等,并因优秀的训练成绩获得「特级战士」和「战斗特战兵」勋章证书,且被晋升为特战司黑豹部队75大队下属分队分队长并被评选为模范分队长。2017年3月作为特战司代表出席守护西海纪念日国家活动领唱爱国歌。2017年10月担任 2017年兵营读书激活自愿事业宣传大使。2017年10月31日,李昇基从韩国陆军特战司令部退役。