杰西·艾森伯格出生在纽约市皇后区一个犹太人家庭。父亲是医生和大学教授。母亲是职业小丑。妹妹海莉·凯特·爱森伯格曾经是演员。杰西7岁开始参加儿童剧的演出,13岁就登上百老汇的舞台。之后杰西随父母一起搬到新泽西。