本田拓也曾先后效力于日本的清水脉冲足球俱乐部、鹿岛鹿角足球俱乐部、山形山神足球俱乐部。本田拓也曾随鹿岛鹿角足球俱乐部获得2011赛季和2012赛季日本联赛杯冠军。曾随日本足球国家队获得2011年亚洲杯冠军。